化肥的使用，在提高作物產量的基礎上，也帶來了許多不良影響，如化肥使用量的增加破壞了土壤結構，污染了土壤環境，土壤營養逐漸失衡，問題越來越嚴重。尤其是對土壤氮、磷、鉀三元素的影響更為突出。土壤養分含量一般建議使用土壤微量元素檢測儀，以獲取土壤中各種養分的含量參數，為施肥提供科學有力的依據。

土壤微量元素檢測結果表明，化肥使用過多，大量的NH4、K與土壤膠體吸附的Ca2、Mg2等陽離子發生交換，破壞土壤結構，導致土壤板結。施用化肥多，但不耕地，導致土壤有機質減少。化肥無法彌補有機質的不足，進一步影響土壤微生物的生計，不僅破壞土壤肥力結構，而且降低肥料效率。

制造化肥的礦物原料和化學原料含有多種重金屬元素、放射性物質等有害成分，隨著施肥進入農田土壤形成污染。近年來，土壤污染日益嚴重，影響了農產品的營養價值、耐貯性和抗逆性，進而影響了人類健康。

土壤微量元素檢測儀測定長期施用氮、磷、鉀的土壤營養，發現N-P-K營養對土壤結構有相當大的破壞力，導致土壤營養失衡，營養流失，污染加劇。根據不同作物和土壤類型，平衡科學配方施肥，結合使用和營養，大力實施測產供施一體化的農化服務，從根本上改善土壤結構，培肥土壤，提高化肥和有機肥的吸收利用率，堅持長期使用土壤肥力，既能節約生產成本，增加作物產量，提高產品質量，又能保護農業生態環境， 然后提高農產品質量，真正增加農產品數量，從而達到高產、穩產、適地、高產。